Mención especial merece la cripta, diseñada por Vicente Acero y concluida en 1726. Se organiza en torno a un espacio circular cubierto por
bóveda plana al que se abren dependencias. Preside el conjunto un espacio rectangular con nichos para enterramientos, en cuyo testero hay un
altar de mármoles genoveses del siglo XVII, con la imagen en mármol blanco de la
Virgen del Rosario, imagen de estilo barroco de gran calidad atribuida al
escultor italiano Alessandro Algardi. En la cripta se encuentran enterrados, además de los obispos de la diócesis, los ilustres gaditanos Manuel de Falla y José Mª Pemán.