El coro divide a la colegiata en dos secciones, por lo que la parte posterior apenas se utiliza para el culto, excepto cuando se realizan los bautismos. El coro consta de dos cuerpos, hechos de madera de nogal. En la parte superior lateral derecha se encuentra un órgano del siglo XVIII. En en centro del coro está el mausoleo de los señores de Maqueda, don Gutierre de Cárdenas y doña Teresa Enríquez, con sus correspondientes estatuas yacentes.