Es lo más interesante de la
iglesia. Fue reconstruida en estilo barroco en el año 1.084 por iniciativa del Obispo D. Marcelino Siuri y ampliada por su sucesor Fray Juan Muñoz de la
Cueva. De la primera basílica solo quedan unas
columnas y los
capiteles de mármol. A su derecha se encuentra la
Plaza de la Magdalena, que fue antiguamente
cementerio de canónigos y que en la actualidad aún conserva más de una docena de lápidas funerarias.