El patio está rodeado por un claustro, típicamente plateresco, obra de Gil de Hontañón. En el siglo XVI fue el núcleo inicial donde el arzobispo Alonso III de Fonseca reunió los estudiantes dispersos, utilizando el espacio de su antigua casona familiar. Fue construido con trazas de Juan de Álava, que supervisó Alonso de Covarrubias, continuándose la construcción entre 1522 y 1544 por Alonso de Guntín y Jácome García.
(13 de Septiembre de 2020)