La iglesia parroquial de Santa María de Almocóvar siempre tuvo los títulos de Conventual, Arciprestal y Parroquial. Su arcipreste debía ser religioso de la Orden de Alcántara y lo nombraba el Rey a propuesta del Consejo de Órdenes tras superar varios exámenes.

Construida sobre la antigua mezquita, ocupa uno de los lugares más altos de la antigua villa. El sobrenombre de "Almocóvar" puede provenir de "al-mocovara" (= "el lugar más alto") o de "al-maqâvir" (= "el cementerio").

Tras la conquista cristiana de la población, la adaptación de la mezquita fue suficiente para el culto cristiano pero en el año 1254 se inició la construcción de un nuevo templo, siendo maestre Don García Fernández.