El resto del convento, tras su incautación por el Estado, fue cedido en propiedad en 1849 al Ayuntamiento de Fregenal, quien lo dedicó a diversos usos (cuartel, escuelas, ayuntamiento, etc.) hasta la década de los sesenta del siglo pasado, lo que permitió su conservación más o menos íntegra. Tras su abandono, sufrió un rápido proceso de degradación y saqueo.