Sus primeros habitantes fueron de finales del Paleolítico Superior y principios del Neolítico, con abundantes muestras materiales de este último en el término municipal y en los cercanos. Con respecto a la Cultura del Bronce Valenciano hallamos los yacimientos de La Atalaya y de la
Cueva de las Maravillas, entre otros.
Llombay posiblemente tenga su origen en un poblado íbero surgido del aglutinamiento de la población (sinecismo) de los pequeños poblados de la Cultura del Bronce Valenciano circundantes al
valle, donde bajaron y se asentaron en la loma sobre la que se sitúa actualmente Llombay. El
pueblo se enmarcaría dentro de los territorios de la tribu íbera de los Edetanos y, con casi total seguridad, dependería de la cercana ciudad ibérica de Kili (La Carència, Turís) el mayor núcleo de población de la zona por aquel entonces, allá entre los siglos VI y III a. C.
Con la conquista
romana a finales del siglo III a. C y la posterior romanización el pueblo se pasó a llamar Lumbardium o Lumbariu, que viene de que el pueblo se asienta en una loma (lloma en valenciano). Cavanilles lo llamaba Lombai, aclarando que en valenciano el sonido inicial de la sílaba "Lo" era como el castellano "Llo". En toda la bibliografía anterior a Cavanilles (siglos XVI a XIX) aparece con el nombre de Lombai o Lombay.[3]?Por la misma época de su fundación aparecieron en la actual
Comunidad Valenciana más núcleos de población,
pueblos o pequeñas aldeas, casi todos desaparecidos o despoblados en la actualidad. Son los casos de Cabanes (
Castellón), Torralba, Aledua (de la que aún queda en pie la
torre defensiva de la época musulmana) y la villa romana de Ondara.
La mayoría de los asentamientos desaparecieron en la época del Bajo Imperio durante la crisis del siglo III y quedaron como lugares de defensa, a excepción de Aledua, también conocido como Eleydua, que continuó habitado hasta el siglo XVII.
En época visigoda en el siglo VI d. C el poblado pasa a llamarse Lumbar o Lumba, citado, pues en el existía el límite de la diócesis de Elche, muy importante en su tiempo.
Poco se sabe de Llombay en los tiempos musulmanes, cuando paso a llamarse Al-Lumbair o Alumber. El único dato conocido es que Don Rodrigo Díaz de Vivar, más conocido como El Cid Campeador, pasó por allí, después de haber atacado el cercano
castillo de Alcalá o Alcalans (de ahí el nombre de la antigua comarca) y de haber capturado a su alcaide.
Conquistada por Jaime I en 1238, en el Llibre del Repartiment de
Valencia el pueblo de Llombay fue dado al caballero Guillem de Gaulabia. Su señorío fue concedido a Gonzalo García, señor de Mogente, en 1336 por el rey Pedro el Ceremonioso, según consta en el libro de Gaspar Juan Escolano:
El 21 de abril de 1404 tuvo lugar en las cercanías del pueblo la Batalla del Forcat, una batalla entre las
familias nobles de los Centelles, a los que claramente apoyaban los habitantes de Llombay ya que eran sus barones, y los Vilaragut, que formaban parte del bando de los Soler.
A finales del siglo XV la
familia Borja, más conocida por el italismo Borgia, compró la Baronía a la heredera de Guillem Ramón Centelles en 1494, es decir, que el papa Alejandro VI fue, además de líder eclesiástico del cristianismo católico, barón de estas prósperas tierras.
Carlos I decidió darle a Francisco de Borja y
Aragón, futuro
San Francisco de Borja, rango de Marqués de Llombay, convirtiéndose en el primer marqués de este pueblo. Con él empezó un cambio drástico en por aquel entonces pequeño pueblo habitado mayoritariamente por moriscos a convertirse en un importante
centro cultural y espiritual de la zona, gracias a la construcción del
convento de los Dominicos y a la
iglesia de la
Santa Cruz (un importante y desconocido ejemplo del último
gótico rural que queda en
España).
El pueblo sufrió mucho durante la expulsión de los moriscos quedando muy pocas familias cristianas en el lugar, propiciando así la desaparición del poblado de Aledua y el gran descenso de población en Llombay, que debió ser en parte repoblado por familias provenientes de otros pueblos del Reino de Valencia, entre ellos Torrente, o de zonas tan lejanas como el Ampurdán Catalán. Esto favoreció la extensión de apellidos autóctonos hoy muy abundantes en este pueblo como Bisbal, Martínez, Sans, Tallada, Noverques.
