Gaviota posada en el poste en el puerto, TABARCA

En la isla se han recuperado materiales de época romana, que evidencian que ya entonces debió estar poblada, aunque no se han localizado restos de construcciones que den fe de un poblamiento estable.​ No obstante, existen restos de una necrópolis y de pecios con ánforas,​ así como edificaciones quizá industriales. Probablemente se identifica con la Planesia de los antiguos griegos, que Estrabón describió como una isla peligrosa por la abundancia de escollos, hecho que podría confirmarse por los diversos naufragios de naves romanas que se han hallado en las cercanías de la isla.​ Otro argumento a favor de esta hipótesis es que el geógrafo ceutí al-Idrisi menciona la isla como Blanāsīa, clara derivación del nombre griego.

Las primeras noticias sobre la necesidad de establecer alguna fortificación datan del siglo XIII. En 1337 se autorizó la construcción de una torre, pero se desconoce si llegó a realizarse. Comoquiera que fuera, en 1427 se propuso organizar un buen sistema defensivo para impedir que fuera ocupada por los corsarios berberiscos venidos de Argel, que la usaban como base de sus acciones contra el Campo de Alicante y el Bajo Vinalopó.5​ Durante esta época se la conocía popularmente como Isla de San Pablo (Illa de Sant Pau), ya que según la tradición éste fue el lugar donde desembarcó el apóstol. Fue conocida también como Isla Plana (Illa Plana), aunque los cronistas persisten en las denominaciones Alones Insula e Islote de Santa Pola. En época de Felipe III se consideró la idea de construir una fortificación de grandes dimensiones, pero esta se desechó por los gastos que entrañaría su mantenimiento. Pese a todo, en 1760 comenzaron a construirse las primeras edificaciones de la isla, 5​ de la mano del conde de Aranda, que había promovido también la colonización de Sierra Morena.​

La historia de la actual Tabarca comienza en 1768, cuando Carlos III, instado por el mercedario fray Juan de la Virgen,​ consiguió la redención de un grupo de sesenta y nueve familias de origen ligur que, bajo el gobierno de la República de Génova se habían instalado en la isla tunecina de Tabarka. Esta isla, que distaba unos trescientos metros de las costas norteafricanas, había sido sometida por el bey de Túnez en 1741 y había reducido a sus habitantes a esclavitud.​ En ese estado permanecieron hasta el 14 de octubre de 1768, en que comenzó el rescate, que se alargó hasta el 8 de diciembre del mismo año.​ Probablemente los tabarquinos llegaron por vía marítima a Cartagena y, de allí, en carretas hasta Alicante, donde quedaron provisionalmente instalados en el Colegio de la Compañía de Jesús,​ vacío tras la expulsión de los jesuitas en 1767.​ La fecha tradicional de su llegada a la ciudad es el 19 de marzo de 1769. Finalmente el conde de Aranda consiguió su traslado a la isla de Santa Pola, a fin de permitirles recuperar el hábitat cotidiano, así como que pudieran seguir ejerciendo la pesca como actividad predominante. Además, el conde había estimado que una población civil estable en la isla sería una gran ventaja a la hora de mantener la plaza.​ Por tanto, no sólo se construyó un fuerte, sino que también se edificó un poblado con categoría de ciudad,​ que tomó el nombre de Nueva Tabarca.​ En total, fueron 296 los tabarquinos instalados en la isla, de los cuales 31 habían nacido en Italia, 137 en Tabarka, 70 durante el cautiverio en Túnez y 58 durante el cautiverio en Argel.​ Todo este episodio aparece recogido en el mismo libro de bautizos de la parroquia de San Pedro y San Pablo de la siguiente manera:

"Ciertamente consta que entre las muchas islas que pueblan el Mediterráneo, hay una muy pequeña llamada Tabarca, distante de tierra firme de África poco más de un tiro de piedra. Era ésta protegida y gobernada por la insigne República de Génova y habitada de inmemorial tiempo de cristianos. Fue tomada esta isla por el rey de Túnez en año mil setecientos cuarenta y uno, quedando todos cautivos bajo este rey bárbaro. Quince años y meses estuvieron estos miserables tabarquinos llorando en Túnez su cautiverio. Hasta que moviéndose guerra entre Túnez y Argel, sin dejar de ser cautivos, pasaron a serlo del argelino, de Túnez pasaron a Argel, en cuyo tránsito parieron muchas mujeres en el camino, con la mayor penalidad y trabajo. Estuvieron estos desgraciados tabarquinos bajo el yugo del argelino doce años y meses. Pero, sin embargo de haber pasado la mayor parte del pueblo a Argel, quedaron algunas familias tabarquinas en la ciudad de Túnez, por cuyas cenizas eran varias las romerías que hizo el reverendo padre fray Juan Bautista Riverola, agustino, cura del pueblo, desde Argel a Túnez y de Túnez a Argel, para visitar, asistir y consolar a su amado pueblo; y cuando más se imposibilitaba su rescate y menos pensaba en su redención, nuestro católico monarca, de eterna memoria, don Carlos III, el año de mil setecientos sesenta y nueve, los redimió con suma liberalidad y magnificencia, día de la Concepción Purísima de María Santísima, se efectuó el precio de su redención, fueron conducidos a la ciudad de Alicante, trescientos noventa y cuatro con el expresado cura. Luego que estuvieron en Alicante, se pensó en buscar un lugar proporcionado, para hacer decentes habitaciones para estas redimidas familias, y el primer ministro gobernador y presidente del Consejo, el Excmo. Conde de Aranda, influyó para con el monarca, para que la isla Plana de San Pablo fuera lugar elegido para su morada y descanso."
Libro primero de Bautismos de la parroquia de Nueva Tabarca.
(Agosto de 2018)