El municipio hasta 1940 se denominaba
Jubera, ya que era esta localidad la principal del municipio y tenía una mayor importancia histórica. El municipio venía perdiendo población desde finales del XIX por la emigración de la población a América, sobre todo a
Argentina y
Chile en busca de mejores oportunidades. Esto se debía a la precariedad con la que se vivía en las aldeas más altas del término:
Bucesta, Reinares,
Santa Marina, El Collado,
San Martín y
Santa Cecilia, donde la economía era de subsistencia, y se había producido una gran pérdida de importancia de la
ganadería ovina, prácticamente la única en el municipio.
En los años 40 la población aumento gracias a la instalación de las
minas de plomo entre las localidades de Jubera y
San Bartolomé. En ellas llegaron a trabajar 100 personas, tanto de la zona como llegadas de
País Vasco o
Extremadura.
Pero tras el cierre de estas en los años 60 la población volvió a descender, puesto que todos los que allí trabajaban emigraron, principalmente a Logroño. A esto se sumó la emigración constante que se venía produciendo desde mediados del siglo XIX. En estos años algunas de sus aldeas quedaron totalmente abandonadas.
Por ello
Santa Engracia del Jubera es uno de los municipios que ha sufrido una mayor despoblación de toda la provincia, desde los años 60 ha perdido el 80 % de su población. Los años más críticos fueron las décadas de los 60 y 70, pero desde entonces sólo ha conseguido mantener a duras penas su población, descendiendo levemente.
A pesar de todo ello, algunas de sus aldeas han vuelto a ser habitadas y sus
casas han sido restauradas, después de varias décadas abandonadas.
Entre 1842 y 1857, disminuye el término del municipio porque independiza a El Collado.
Entre 1860 y 1877, crece el término del municipio porque incorpora de nuevo a El Collado.
