La primera sede del museo se encontraba en el Dique de Navidad, en un conjunto de cinco edificios: las salas de exposiciones en un antiguo lazareto; el Centro Nacional de Investigaciones Arqueológicas Submarinas en un edificio moderno inaugurado oficialmente el 28 de marzo de 1982 y obra del arquitecto Pedro San Martín. Otros tres edificios, propiedad de la Autoridad Portuaria de Cartagena acogían almacenes y laboratorios.

(22 de Febrero de 2009)