La Basílica de
San Miguel se emplaza sobre el solar de la
parroquia de los
Santos Justo y Pastor, mártires cristianos que, según la
tradición, murieron en Alcalá de Henares. Poco se conoce sobre esta desaparecida
iglesia, una de las más antiguas de la ciudad. Su construcción era anterior al siglo XIII. El templo sufrió un incendio en 1690 y quedó completamente destruido.
En 1739 se iniciaron las obras de la construcción actual, a instancias del cardenal infante Luis Antonio de Borbón y Farnesio, arzobispo de
Toledo, que costeó su ejecución. En 1745 se concluyó el
edificio.
El templo de estilo barroco con
fachada concava, tiene connotaciones italianas.