Data del Siglo XVII.
El templo a excepción de la
fachada, se inauguró el 25 de abril de 1620. Se construyó como una característica edificación jesuítica, siguiendo el ejemplo de las obras de Vignola para el Gesú de Roma: con forma de
cruz latina,
capillas laterales comunicadas entre sí y
cúpula con linterna sobre pechinas. A ambos lados de la
capilla mayor, se abrieron unas sacristías. Encima de las capillas laterales, se pusieron tribunas o
balcones, que fueron de hierro hasta el siglo XVIII cuando se reconstruyeron como balaustres que imitan
piedra.
Llama la atención el magnífico
retablo principal, único que se conserva de los originales, que se construyó entre 1618 y 1630 bajo trazas del ya mencionado jesuita Francisco Bautista. Con esta bella obra, de transición del herreriano al barroco, su autor consiguió el grado de maestro arquitecto. Las pinturas originales del retablo fueron encargadas a Angelo Nardi y las
esculturas a Manuel Pereira y Bernabé de Contreras.
La fachada de la
iglesia, en piedra berroqueña, fue un auténtico manifiesto de intenciones por parte de los jesuitas. Posiblemente sea la más
monumental de
Alcalá de Henares tras las de la Universidad y el
Palacio Arzobispal, y con seguridad esto no se debió al azar. Simplemente había que dejar claro el importante papel de la Compañía en el mundo universitario alcalaíno del siglo XVII. Tradicionalmente se ha afirmado que fue trazada por Juan Gómez de Mora, sobrino de Francisco de Mora, aunque nunca con total seguridad (incluso se ha llegado a pensar que los planos fueron traídos desde Roma). El precio de la obra fue de 11.000 ducados. Cuenta con una
calle central, acabada en
frontón triangular, y dos laterales, separadas por
columnas corintias de orden
gigante. El segundo cuerpo está unido al primero por aletones, y tanto la parte superior como las
esquinas aparecen adornadas con pináculos y pedestales acabados en bola, típicos de Juan de Herrera. Las esculturas, colocadas en 1624, que representan en la planta baja a
San Pedro y San Pablo y en la alta a San Ignacio y San Francisco Javier, son obra de Manuel Pereira. Los
escudos de las
calles laterales son los de la
familia de las mecenas y promotoras de la obra, los Mendoza.