El rey Felipe V muere el 9 de julio de 1746 y es enterrado en la
Colegiata. Isabel de Farnesio, durante el reinado de su hijastro Fernando VI, se retiró a
San Ildefonso. La reina, italiana, encargó a paisanos suyos, bajo la supervisión del pintor y arquitecto Andrea Procaccini, una amplación del
palacio. Así, entre 1727 y 1737, se añaden dos
patios abiertos, uno de los cuales, el llamado Herradura, es actualmente la principal entrada al palacio. La reina murió el 11 de julio de 1776 recibiendo sepultura, como su esposo, en la Colegiata y no en la cripta real de El Escorial por su propia decisión.