El Monasterio debió ser fundado entre los años 970 y 980 por el tenente del Castillo de Luna y alférez real, el conde Gonzalo Bermúdez, favorito de Ramiro III de León. Su advocación original era San Miguel de Almázcara y su comunidad era masculina, de monjes benedictinos. El texto más antiguo que documenta su existencia, custodiado en el Archivo de la Catedral de León, está fechado en 998; en él se da parte de cómo Bermudo II, sucesor de Ramiro III, castigó a D. Gonzalo con la confiscación de bienes por la revuelta que éste había protagonizado desde el castillo de Luna. Uno de los bienes confiscados era el Monasterio berciano, entregado por el monarca a Sampiro, notario real y posteriormente obispo de Astorga.