El Retablo actual se construyó entre 1525 y 1531, es por tanto muy posterior a la construcción de la Real Basílica cuyo comienzo fue a los alrededores del siglo X. Consta de 24 tablas pintadas distribuidas en tres cuerpos. En las 6 tablas del primero se relata la vida de Santo Tomás, en las 12 del del segundo están representadas escenas de la Pasión de Cristo y las 6 superiores están dedicadas a la Vida de la Virgen.