Debido a la presencia de los Condestables, el rey Felipe II sentenció el futuro de Medina al ordenar en 1562 el traslado de la Audiencia y Alcaldía mayor de las merindades a Villarcayo, siendo esta desde entonces la capital de la comarca de Las Merindades.
Medina de Pomar fue realenga, señorío, villa y, ahora, ciudad.