El cuarto cuerpo de la fachada lo conforman las dos torres, ya exentas, que rematan las dos calles laterales. En este nivel se abren también dobles ventanales. A diferencia de los del anterior cuerpo, aquí cada ventanal está dividido por un fino mainel. Completan la decoración, esculturas que representan a testigos de Cristo (san Lorenzo, María Magdalena, san Francisco de Asís o santo Domingo de Guzmán) en la torre norte, y los evangelistas y los padres de la Iglesia en la sur.

Juan de Colonia, ya en el siglo XV, es el autor de los antepechos decorativos que presentan ambas torres en su parte superior. Sirven también para ocultar los potentes tambores octogonales sobre los que se levantan las agujas. En la torre izquierda, San Juan Bautista preside la balaustrada rodeado de la inscripción Ecce Agnus Dei ("He aquí el Cordero de Dios"). En la derecha, Cristo resucitado con la leyenda Pax vobis ("La paz sea con vosotros").

Al mismo arquitecto debemos otro gran antepecho con el que se remata la parte central de la fachada. Allí Juan de Colonia representa una Virgen coronada con el Niño, revestida con el sol y la luna y rodeada de dos ángeles turiferarios. A ambos lados, la inscripción Pulcra es et decora ("Hermosa eres y bella"). El artista se permite la licencia de prescindir de la H de Pulchra para un mejor encaje en el espacio disponible.

Las dos torres sirven para albergar las campanas del templo. Hay un total de quince campanas distribuidas en ambas torres. Doce son de uso litúrgico y tres de reloj, la más antigua del año 1350.

LAS AGUJAS DE LA CATEDRAL DE BURGOS
Sobre el cuarto cuerpo de la fachada, se asienta el quinto y último tramo. Está compuesto por las dos características agujas caladas de la Catedral de Burgos. Sin duda, dan un aire triunfal y distintivo a la fachada principal de la Catedral de Burgos. Su autor, el genial arquitecto alemán Juan de Colonia.

Juan de Colonia
A Juan de Colonia (¿Colonia, 1410? - Burgos, hacia 1478) debemos la completa transformación de la arquitectura burgalesa en los años centrales del siglo XV. Es el fundador de una excepcional dinastía de arquitectos. Serán los Colonia, Juan, Simón y Francisco, los maestros de obras de la Catedral de Burgos durante casi un siglo. Aparece citado por primera vez en 1449 como "maestro de la Catedral". Aunque ya desde antes estaba trabajando en el templo. Tras una prolífica producción artística, fallecería hacia 1478 en la ciudad de Burgos. Una sencilla lápida de piedra en entrada de la Capilla de la Visitación de la Catedral de Burgos nos recuerda su lugar de enterramiento.

Al parecer, Juan de Colonia llega a Burgos de la mano del obispo Alonso de Cartagena, que lo traería tras volver del Concilio de Basilea. El obispo aprovecharía su estancia allí para conocer de primera mano la arquitectura religiosa de un amplia zona de Alemania y Suiza. La admiración por sus altas torres le animaría a embellecer algunas partes del templo burgalés, anclado a las viejas formas. Alonso de Cartagena es a la Catedral de Burgos en el siglo XV lo que había sido el obispo don Mauricio dos siglos antes. Si el uno nos dejó una evidente huella del gótico francés en el siglo XIII, el otro nos legará una importante impronta germana. Ambas influencias visibles en la Fachada de Santa María.

La idea inicial de Alonso de Cartagena era que Juan de Colonia elevara las dos torres. Para ello, el arquitecto alemán opta por construir dos agujas caladas, introduciendo un nuevo tipo arquitectónico que había surgido en tierras centroeuropeas. Comenzarían las obras por la torre sur en 1442, finalizando en 1458 con la aguja de la torre norte.

Descripción de las agujas
Las agujas tienen forma tronco piramidal. No arrancan directamente de la cubierta de las torres. Cuentan con una base octogonal, de casi tres metros de altura, en la que se abren sendas puertas. Este elevado basamento queda disimulado con los antepechos que describíamos con anterioridad.

Se organizan en diez pisos con riquísima decoración calada en sus ocho caras. La parte alta, a casi 80 metros de altura, cuenta con dos balconcillos con balaustrada decorada. En la aguja sur, figuran las siglas SM ("Santa María"), apellido de la familia de Alonso de Cartagena, promotor de la obra. En la aguja norte, el cristograma (IHS) y el escudo del obispo Luis de Acuña. Bajo su episcopado, fallecido ya Alonso de Cartagena, se puso fin a la obra en 1458.

Como guinda del pastel, dos esculturas de san Pedro y san Pablo culminaban las agujas. Actualmente sustituidas por pararrayos, se retiraron por miedo a su caída.

Más de dos siglos hubo que esperar, por lo tanto, para que se diera por culminada la fachada. Aunque la espera mereció la pena. Hasta entonces, nunca se había rematado un templo con dos agujas caladas perfectamente gemelas.

Esta novedosa culminación de la fachada principal de la Catedral de Burgos causaría enorme impacto. Tan es así, que sirvió de inspiración a los remates de las catedrales de León y Oviedo. Pero muy lejos quedaron de la genialidad técnica y estética de la obra de Juan de Colonia.