A cada lado de la fachada se alzan dos torres casi gemelas del siglo XIII y sobre ellas Juan de Colonia construyó dos agujas o chapiteles en el siglo XV. En el antepecho que conecta con la cúspide de una de las torres se encuentra la escultura de Cristo mostrando las huellas de su Pasión con la leyenda pax vobis.
Y en el antepecho de la otra torre puedes ver la leyenda ecce agnus dei y una escultura de San Juan Bautista.
Multitud de detalles escultóricos de lo más curiosos jalonan las dos torres y sus chapiteles. Entre las esculturas pueden verse las de los obispos Alonso de Cartagena y Luis de Acuña, que financiaron la construcción de los chapiteles.