El monasterio de San Francisco de Burgos fue un convento franciscano, del que actualmente solo se conservan unas pocas ruinas rehabilitadas para evitar desprendimientos y la pérdida de los restos históricos que se mantienen. Según refiere la tradición, fue fundado por san Francisco de Asís1​ en 1213, habiendo obtenido previamente la aprobación del rey Alfonso VIII de Castilla, aunque ello ha sido cuestionado por numerosos historiadores.
El monasterio resultó muy dañado durante la Guerra de la Independencia, y en 1836 fue desamortizado y comenzó a ser demolido. En el solar que ocupaba fue instalado un cuartel, y posteriormente una factoría militar y en las décadas siguientes tuvo otros destinos. Las ruinas consolidadas de la iglesia que aún se conservan se encuentran en la calle San Francisco, cerca de las del desaparecido convento de la Santísima Trinidad de Burgos y cercanas a la iglesia de San Gil.