El Monasterio de San Agustín de Burgos perteneció a la comunidad de agustinos de la ciudad. La tradición afirma que fue el primer convento que existió en Burgos y fija su establecimiento en el siglo IX, en torno a los años de la fundación de la ciudad de Burgos.
El convento tuvo su época de esplendor en el siglo XVI, de modo especial bajo la autoridad de Santo Tomás de Villanueva. Llegó a contar con 60 religiosos. La vida conventual se extinguió en 1828, después de que los frailes repararan mínimamente la práctica destrucción causada por las tropas francesas. La desamortización dio el golpe definitivo al que fuera durante siglos célebre cenobio agustino.
En 1863 la Diputación Provincial de Burgos adquirió los restos del convento, que fueron reutilizados con destinos diversos hasta la rehabilitación definitiva del edificio, la cual fue coordinada por la arquitecta Marina Escribano, y concluida en el año 2002 cuando se produjo su inauguración.