Fue en 1897 cuando el cardenal Fray Gregorio María Aguirre –entonces arzobispo de
Burgos– y el beato Manuel Domingo y Sol fundaron el seminario de
San José, poniéndose la primera
piedra el 22 de abril de aquel año. En noviembre de 1898, una vez concluidas las obras, el centro formativo comenzó su actividad académica con normalidad y matrícula completa. Desde entonces, han estudiado en sus aulas cientos de adolescentes y jóvenes, muchos de los cuales son hoy sacerdotes.