La Orden de la Merced se estableció en Burgos en la segunda mitad del siglo XIII. El primitivo convento se hallaba alejado de la ciudad, hasta que en 1419, los mercedarios se trasladaron a este lugar. A finales del siglo XV, construyeron un nuevo edificio contando con la ayuda de importantes familias burgalesas, como los Castillo y los Pesquera, que se enterraron en su iglesia. A finales del siglo XIX, el edificio fue ocupado por los jesuitas, que lo reconstruyeron.