Parroquia San Nicolás
Parroquia situada en el centro histórico, junto a la catedral. Tiene dos iglesias, la de San Nicolás dedicada al culto y demás actividades parroquiales, y la de San Esteban, como museo diocesano.
La iglesia de San Nicolás, erigida en el siglo X, fue ampliada en el siglo XV. En este tiempo, los Colonia (Juan, Simón y Francisco), grandes artistas de la piedra, aquí realizaron una preciosa obra. El retablo, único en su estilo, atrae todas las miradas. Hay también una sala museo.
Los devotos de San Nicolás, venidos desde toda la ciudad, son fieles en sus caminatas de cada lunes, llenando gozosamente la iglesia. Los novios también tienen esta iglesia como preferida para celebrar su Matrimonio y fundar una familia cristiana.
Al pie del Camino de Santiago, y como parroquia del albergue municipal, son muchos los peregrinos que acuden, tomando impulso para su caminar. El turismo es otro cauce por el que llegan muchos visitantes que, van pasando de la admiración a la contemplación, de la grata sorpresa a la oración fervorosa.
Por ser un barrio antiguo y en la ladera del castillo, la feligresía, en sus tiempos el cogollo de la ciudad, ha quedado actualmente muy reducida.
Cuenta la parroquia con servicio de sacramentos, catequesis, cáritas… Tienen aquí su sede tres Cofradías (La Sagrada Familia, La Flagelación, y La Virgen de la Alegría), y una Coral (San Esteban).
Y nos cabe el honor de contar con cinco feligreses beatos mártires, elevados recientemente a los altares (2016): Valentín Palencia, Donato, Emilio, Germán y Zacarías (+1937).
Desde que la Iglesia de San Esteban fue convertida en el Museo del Retablo, es la sede de la parroquia de San Esteban.
Retablo Mayor de la Iglesia y los sepulcros de don Gonzalo y don Alfonso Polanco

Fue levantada en 1408 sobre otro templo románico. La preside uno de los retablos más impresionantes y monumentales del arte del Renacimiento Castellano, diseñado y realizado en el siglo xv por Simón de Colonia y su hijo Francisco de Colonia
Este retablo mayor fue financiado por el mercader burgalés don Gonzalo Lopez de Polanco, cuyo sepulcro gótico y el de su esposa Leonor de Miranda reside al principio de la fachada oeste del retablo. El sepulcro de su hermano don Alfonso de Polanco y su esposa Constanza de Maluenda se encuentra al principio de la fachada este.
Además de sus sepulcros góticos, son, también, de gran interés el arco renacentista de María Sáez de Oña y Fernando de Mena y las tablas de la escuela burgalesa del maestro de San Nicolás. Muchas de las obras de artes fueron también costeadas por la familia Polanco,
Fue declarada monumento nacional el 26 de enero de 1917.