El 26 de mayo de 1994, nace la Universidad de Burgos, al sancionar el Rey la Ley 12/94, con lo que se incorpora una nueva Universidad a las Universidades del Estado.
La creación de esta nueva Universidad pública era la culminación de un sólido proyecto que se inició con las primeras escuelas catedralicias medievales y los primeros estudios universitarios de la Facultad de Medicina de los siglos XVIII y XIX en Burgos. A ellos continuó la pertenencia de Burgos, como Campus diferenciado, a la Universidad de Valladolid desde 1972, años que sirvieron para crear todo un basamento académico y asentar una estructura científica que permitiera, desde una situación de madurez, dar el paso lógico para la creación de la Universidad de Burgos; una demanda a la que la ciudad de Burgos se adhirió al unísono.
En la actualidad la universidad de Burgos forma parte, junto con León y Valladolid, del Campus Campus de Excelencia Internacional Triangular-E3. Este proyecto es el resultado de la colaboración de las tres universidades y de su compromiso con un futuro compartido, que se plasma en una alianza fundamentada en el convencimiento de la necesidad de aunar nuestros valores y fortalezas para afrontar los retos de la Universidad del siglo XXI.