Sigue un tercer espacio didáctico en el que se muestran algunos dibujos de la antigua flecha o capitel del crucero del S. XV, que tenía una elevación de 110 metros de altura que se hundió en 1539. Hay también dos representaciones artísticas de la capilla del Condestable y de la escalera dorada del artista contemporáneo José Manuel Ballester.
En la tercera cripta, que era la antigua bodega, adaptada como sala de proyección e infografía, se muestra la evolución constructiva de la Catedral, mostrando los diferentes momentos y formas arquitectónicas, hundimientos, reconstrucciones y restauraciones.
En la esquina del claustro se ha instalado una preciosa vidriera de 1547 descubierta en la bodega y recuperada tras un minucioso proceso de restauración, obra de los vidrieros burgaleses Vergara en la que destacan los tondos de Cristo y de María. Y en la capilla del ángulo se muestra el extraordinario nacimiento de Jesús, obra renacentista de Felipe de Vigarny.
La capilla de los Condestables, dada su importancia, tiene espacio propio en el área de interpretación; en él se muestra una singular maqueta de una sección del interior donde se puede disfrutar viendo en miniatura el espacio con su cúpula calada, vidrieras en color y retablos. A uno y otro lado podemos contemplar las interesantes tallas de los apóstoles y evangelistas procedentes de las claves de la bóveda estrellada, obras del taller de Gil de Siloé, así como los relieves de la Presentación de Jesús en el templo y la Circuncisión, éstos obra de Gil de Siloé. Junto a los ventanales hay tres escudos de los Arzobispos de Burgos de los siglos XVII y XVIII.
Hay que hacer el recorrido inverso para llegar a la panda Este donde se exponen en un primer panel la serie de Maestros de cantería y arquitectos documentados desde el S. XIII al XXI y en el resto de los paneles se hace un recorrido cronológico de las restauraciones llevadas a cabo en la Catedral durante los siglos XIX, XX y XXI, con especial incidencia en lo realizado siguiendo el Plan Director de obras de restauración de la Catedral de 1997.
En la panda sur el recorrido presenta las esculturas originales de la fachada principal de Santa María, todas ellas han sido sustituidas por copias facsímiles de piedra artificial, preservadas del deterioro progresivo causado por los agentes atmosféricos y por la contaminación. En las vitrinas hay un conjunto de esculturas en boceto de pequeño tamaño, procedentes de algunas dovelas, de imágenes de las columnas del cimborrio, que representan personajes bíblicos, algunas cabezas de la estatuaria de la portada principal desaparecida, imágenes, escudos, etc..
Finalmente en la panda Oeste del recinto se recogen cinco de las piezas adquiridas por Caja Burgos y donadas al Cabildo en el marco del proyecto «Catedral Siglo XXI, arte en la Catedral de Burgos». Podemos contemplar los retablos contemporáneos de Carmen Calvo y Miquel Navarro, las vidrieras realizadas sobre bocetos de Gerardo Rueda y la escultura de bronce del “Angel with Wings” de Stephan Balkenhol, y en el patio el árbol de la cruz, obra del escultor Martín Chirino.