Ese mismo año fue acusado de venalidad, depuesto de su cargo y encarcelado y, aunque indultado pronto, quedó excluido de la vida pública, por lo que pudo consagrar el final de su vida a la filosofía y sobre todo a la ciencia. Además del Novum organon scientiarum (1620), su obra fundamental, escribió ensayos de moral, de política e Historia. Para Bacon, el conocimiento ha de partir de las sensaciones de la experimentación.