El claustro del convento es un ejemplar único y excepcional en la arquitectura española, ya que utiliza pilares cajeados como soporte, en vez de columnas. Su diseño se inspira en un grabado de "El sueño de Polifilo", libro de Francesco Colomna, publicado en Venecia en 1499, obra que sirvió de inspiración a Vandelvira en muchas de sus obras.