En el término municipal se localiza parte de los espacios incluidos en la Red Canaria de Espacios Naturales Protegidos del
Parque nacional del Teide, del Parque natural de la Corona Forestal, del
Paisaje Protegido de Ifonche y del
Monumento Natural de
Montaña Colorada. Estos espacios están incluidos también en la Red Natura 2000 como Zonas Especiales de Conservación y Zonas de Especial Protección para las Aves.
Vilaflor cuenta además con los
Montes de Utilidad Pública denominados Vica y Lajas y Lomo Gordo y
Agua Agria. Dentro de estos espacios protegidos se ubican lugares naturales de interés como el manantial de
Fuente Alta, que se encuentra a 1.400 metros sobre el nivel del
mar.