El adjetivo verde proviene por el
color de sus
aguas, mientras que el término de los Clicos hace referencia a una especie de bivalvos comestibles que recibían el nombre local de Clicos, con fama de ser muy sabrosos. El Charco de Los Clicos ha adquirido su tonalidad verdosa debido a un tipo de alga de la especie Ruppia maritima. que habita en su interior.
