La población de Santa María de Guía aumentó a lo largo del siglo XVI, lo cual, hacia fines de la centuria instaurada, hace que la antigua ermita de la Villa quede insuficiente para albergar al creciente número de fieles.
En 1607 ya se estaba trabajando en el nuevo templo parroquial, que se construyó en el mismo solar del primitivo. Según Pérez Navarro, el 26 de octubre de 1619 se trasladan los cultos, a fin de facilitar el proceso de la construcción del nuevo templo. Las obras de éste, sin embargo, marchan a un ritmo lento, debido a una serie de discordias entre los patronos y los vecinos del municipio. Tan fuerte debió ser la discordia entre patronos y vecinos, que el propio obispo de la Cámara y Murga amenaza con dar licencia a los vecinos de la Villa para que las obras las realizasen directamente, exonerando a los patronos de los derechos que ostentaban sobre la fábrica del templo.
Durante el largo espacio de tiempo en que la construcción de la iglesia estuvo puesta en manos de los vecinos. Con la obra de Antón Pérez, efectuada en la segunda mitad del siglo XVII, el templo que se construye va adquiriendo estructura de planta basilical, en el conjunto que existía en ese entonces en su interior es, aproximadamente, el que vemos en la actualidad, exceptuando algunos detalles que se irían añadiendo o reformando con posterioridad. Así, pues, el interior del templo es el siguiente: Planta basilical, de tres naves, acabadas en dos capillas colaterales las de los extremos y en presbiterio y capilla mayor la central. Por diversas devociones particulares, dicha planta se vería aumentada por tres capillas laterales, dos que comunican con la nave de la Epístola y la tercera con la del Evangelio. Encintramos dos series de columnas de orden toscano, de escasa altura, que arrancan partiendo de bases cuadrangulares. Sobre ellas y enlazándolas se disponen arcos de medio punto.
En 1607 ya se estaba trabajando en el nuevo templo parroquial, que se construyó en el mismo solar del primitivo. Según Pérez Navarro, el 26 de octubre de 1619 se trasladan los cultos, a fin de facilitar el proceso de la construcción del nuevo templo. Las obras de éste, sin embargo, marchan a un ritmo lento, debido a una serie de discordias entre los patronos y los vecinos del municipio. Tan fuerte debió ser la discordia entre patronos y vecinos, que el propio obispo de la Cámara y Murga amenaza con dar licencia a los vecinos de la Villa para que las obras las realizasen directamente, exonerando a los patronos de los derechos que ostentaban sobre la fábrica del templo.
Durante el largo espacio de tiempo en que la construcción de la iglesia estuvo puesta en manos de los vecinos. Con la obra de Antón Pérez, efectuada en la segunda mitad del siglo XVII, el templo que se construye va adquiriendo estructura de planta basilical, en el conjunto que existía en ese entonces en su interior es, aproximadamente, el que vemos en la actualidad, exceptuando algunos detalles que se irían añadiendo o reformando con posterioridad. Así, pues, el interior del templo es el siguiente: Planta basilical, de tres naves, acabadas en dos capillas colaterales las de los extremos y en presbiterio y capilla mayor la central. Por diversas devociones particulares, dicha planta se vería aumentada por tres capillas laterales, dos que comunican con la nave de la Epístola y la tercera con la del Evangelio. Encintramos dos series de columnas de orden toscano, de escasa altura, que arrancan partiendo de bases cuadrangulares. Sobre ellas y enlazándolas se disponen arcos de medio punto.