Una vez disuelta la Orden de los Templarios en 1312, todas sus propiedades, incluyendo esta
iglesia, pasaron a manos de la Orden de los Hospitalarios, más tarde conocida como Orden de Malta, y se mantuvo en ella hasta 1836. Eso sí, el entonces rey Jaime II aprovechó este cambio de titularidad para recuperar parte del poder que su predecesor había dado inicialmente a los Templarios y que éstos habían ejercido de manera casi absoluta, provocando un gran descontento entre la población.