Santa María de Siones es un monumento románico de excepción y, pese a desafortunadas restauraciones, “es una de las obras más importantes de la arquitectura románica burgalesa”. Se ha dicho que la hicieron los templarios en las últimas décadas del siglo XII; presenta excelente obra de sillería. Consta de nave rectangular, cabecera y torre sobre el crucero.
La visita exterior descubre un templo de volúmenes escalonados y armónicos. Los elementos arquitectónicos se presentan nítidos y con pobre ornamentación. La escultura exterior es escasa, pero ayuda a embellecer el conjunto.
La cabecera se compone de sección recta y semicircular, unidos por contrafuerte y columnas acodilladas. Dos columnas entrega dividen el sector circular en tres paños y una imposta la rodea a la altura de las ventanas. Estas son tres, abocinadas, con un par de arquivoltas adornadas, guardapolvos y dos columnas a cada lado con sus capiteles. En el alero, además de los capiteles, hay una variada serie de canecillos.
La torre actual va sobre el crucero, es de planta cuadrada y poco tiene que ver con la original. Dos arcos de descarga suavizan el peso de los muros. La nave exteriormente está dividida en dos sectores por un contrafuerte prismático e igualmente en el interior. Cubre con la bóveda de medio cañón y de crucería. La portada occidental se organiza con cinco arquivoltas de medio punto que voltean sobre jambas y cuatro pares de columnas con capiteles. La des sur es muy similar.
El interior del templo es mucho más rico que el exterior; la estructura monumental potencia los elementos arquitectónicos. Es uno de esos templos que responden a los planteamientos de románico tardío.
El presbiterio congrega el mayor interés y vistosidad. Su estructura constituye una novedad en el románico burgalés. Se trata de la bellísima arquería doble –caso único- de siete arcos cada una; que recorre el hemiciclo.
El crucero merece una atención específica. Cubre con bóveda de crucería sobre arcos torales.
Es un buen ejemplo del románico que cierra el siglo XII.