Fue construida entre 1220 y 1221 por orden del gobernador almohade de Sevilla, Abù l-Ulà, con una base dodecagonal. Cerraba el paso al Arenal mediante un tramo de muralla que la unía con la Torre de la Plata, que formaba parte de las murallas de Sevilla que defendían el Alcázar. Existe una tradición de que para impedir la entrada al puerto fluvial, se extendió desde su basamento una gruesa cadena sobre el río hasta otra torre ubicada en la actual calle Fortaleza, situada al otro lado del río, en el actual barrio de Triana; dicha leyenda es falsa ya que la La Calle Fortaleza en la orilla de Triana recibe ese nombre en el s. XIX, anteriormente denominada Calle Limones, por otro lado y con más acierto, en las Crónicas realizadas por Alfonso X el Sabio, donde describe al detalle la toma de la ciudad de Sevilla, sólo se menciona una cadena, la que sujetaba el conjunto de barcas que formaba el puente que unía la orilla de Sevilla y la de Triana, que unía además la ciudad con el Castillo, conocido posteriormente como Castillo de San Jorge, en la orilla de Triana.
La flota castellana mandada por el almirante Ramón de Bonifaz rompió el puente en 1248 remontando el río, mientras las tropas de Fernando III de Castilla sitiaban la ciudad. Este pasaje histórico protagonizado por marinos asturianos y cántabros al servicio de la marina castellana quedó inmortalizado en los escudos de Avilés y de las Cuatro Villas de la Costa de Cantabria (Laredo, Castro Urdiales, Santander y San Vicente de la Barquera) y fue posteriormente incorporado al Escudo de Cantabria. En ellos se representa la Torre del Oro y una nave rompiendo las cadenas que cerraban el paso por el río Guadalquivir.
Tras ser conquistada, se utilizó como capilla dedicada a San Isidoro de Sevilla. Después se utilizó como prisión. 11 Es completamente falsa la leyenda que presenta la torre como almacén del oro y la plata venidos de América.
Se llamó Torre del Oro desde la época almohade. A pesar de ello, existen varias teorías sobre el nombre del edificio. Por un lado, en el siglo XVI, un cronista llamado Luis de Peraza dice que la torre se encontraba cubierta de azulejos que brillaban con la luz del sol. El mismo cronista añade que el rey Pedro I guardó en la torre tesoros de oro y plata. López de Ayala también habla de que en dicha torre Pedro I guardaba tesoros en monedas de oro y plata. Dada la proximidad de la torre al Muelle de la Aduana durante la conquista de América es habitual decir que se llamaba así porque en ella se almacenaba el oro de América. El oro, claro está, era procesado en la Casa de la Moneda, a varios metros de allí. Lo que también se sabe es que Pedro I guardó en la torre no sólamente monedas, sino que tuvo en ella a la hermana de María Coronel, la señora Aldonza Coronel, de la que se enamoró y que sacó en 1357 del Convento de Santa Clara. Ella había solicitado a Pedro I perdón para su esposo, Alvar Pérez de Guzmán, que se encontraba en Aragón, y, aunque al principio no parecía querer, aceptó salir del cenobio y, al estar en el Alcázar Real María Padilla, situó a Aldonza en la torre con unos guardias para que la vigilasen. 12
En el siglo XVI presentaba un estado ruinoso, por lo que se realizó una obra de consolidación. La torre fue dañada gravemente por el terremoto de Lisboa de 1755, tras lo cual el Marqués de Monte Real propuso su demolición para ensanchar el paseo de coches de caballos y hacer más recto el acceso al puente de Triana; sin embargo, ese proyecto no llegó a realizarse por la oposición del pueblo de Sevilla, que llegaron a anunciárselo al rey, quien intervino. En 1760 se arreglaron los desperfectos macizando la planta inferior de la torre, reforzándola con escombros y mortero, 13 y dejando la puerta del paso de ronda de la muralla como puerta de acceso principal. Ese mismo año se construyó el cuerpo cilíndrico superior, obra del ingeniero militar Sebastián Van der Borcht, artífice también de la Real Fábrica de Tabacos de Sevilla. Estas obras cambiaron el aspecto de la torre respecto al que puede observarse en grabados de los siglos XVI o XVII.
La Revolución de 1868 fue otro momento crítico para la torre, pues los revolucionarios demolieron los lienzos de las murallas y los pusieron en venta, pero la oposición de los hispalenses logró que la torre no se destruyera.

La Torre del Oro en el Escudo de Santander, Cantabria.
Fue restaurada en 1900 por el ingeniero Carlos Halcón. 14 El 10 de abril de 1923 la torre fue visitada por Alfonso XIII. El 21 de marzo de 1936 se dispuso la instalación en la torre el Museo Marítimo por orden del Ministerio de Marina. En septiembre de 1942 comenzaron las obras de restauración, durante las cuales se mejoraron el aspecto de la fachada y se habilitaron dos plantas para la exhibición del museo y la tercera para alojar investigadores. El 13 de agosto de 1992, en el contexto de la Exposición Universal de Sevilla, se hermanó la Torre del Oro con la Torre de Belem de Lisboa. 15
El museo se inauguró el 24 de julio de 1944, para lo cual se llevaron 400 piezas del Museo Naval de Madrid. El museo muestra en la actualidad (2008) diversos instrumentos antiguos de navegación y maquetas, además de documentos históricos, grabados y cartas náuticas; y relaciona de Sevilla con el río Guadalquivir y el mar. 4 En 2005 fue nuevamente restaurada