Más adelante interviene también el entonces maestro mayor de la
catedral sevillana, Hernán Ruiz el
Joven, a partir de 1566, dando un nuevo impulso a las obras, que quedan concluidas en 1578 por Pedro Díaz de
Palacios. Por estos mismos años debió de realizarse el
coro, situado exento en el tercer tramo de la nave central, que presenta elementos decorativos propios del manierismo.