Por último, se debe referir un dato que parece primordial. La recuperación de una ingente cantidad de material óseo procedente de los expolios efectuados sobre los enterramientos que el hombre prehistórico efectuó en el interior de la cueva y que, en el estado actual de las investigaciones, se puede calcular en un número comprendido entre ciento cincuenta y doscientos individuos, podría indicar la función más importante a que se dedicó la cavidad al menos durante toda la Prehistoria. Lamentablemente, la sistemática acción de expoliadores ha impedido la asignación correcta de este material a la época en la que se produjeron las inhumaciones, así como la posibilidad de conocer los ajuares que las acompañaban. Sin embargo, aún quedaban algunos restos in situ, lo que ha permitido excavar correctamente dos sepulturas originarias de la Edad del Bronce cuya información ayudará a clarificar el panorama existente. En resumen, la Cueva de las Ventanas pudo tener durante la Prehistoria dos usos fundamentales: de una parte, como lugar de hábitat, concentrado en las zonas más próximas a la entrada cuando las condiciones del interior lo permitieran y, de otro, como lugar de enterramiento que ocupó zonas más profundas donde no llega la luz del día.