A partir de época histórica, parece que la cueva pierde su carácter funerario, ya que, aunque existe presencia de material hispano-romano (cerámica pintada y estampillada, terra sigillata, tégulas, lucerna), éste no permite saber, por el momento, con qué motivo se utilizó la cavidad. Mientras que las cerámicas medievales, recuperadas en gran cantidad, indican una utilización de la gruta desde época califal (siglos IX-X) hasta el final del reino nazarí de Granada (siglo XV), con una importante presencia de restos almohades. En este caso, su utilización podría fundamentarse en dos aspectos: de un lado, guardar el ganado y, de otro, como lugar de refugio en momentos de conflictos sociales y militares. Esto último se puede deducir tanto por el hallazgo de un tesorillo de monedas como por la aparición de cerámicas de mesa de calidad en un lugar tan inusual.