También, en 1954, el arqueólogo suizo J. Ch. Spahni realizó una visita de exploración, solicitando un permiso de excavación que le fue concedido ese mismo año. Sin embargo, al no encontrar los restos paleolíticos que buscaba, abandonó la Cueva de las Ventanas e inició excavaciones en la próxima de Carigüela. A los trabajos de Spahni en esta última, que incluyen el hallazgo de restos óseos del hombre de Neandhertal, siguieron los de numerosos investigadores tanto españoles como extranjeros (M. Pellicer, H. T. Irwin, M. Almagro, G. Vega) hasta llegar a la actualidad. Quizás sea, en este momento, cuando, debido a la importancia como yacimiento arqueológico y riqueza de materiales de la Cueva de Carigüela, la de Las Ventanas pasó a un segundo plano, siendo catalogada por los especialistas como una gruta en la que aparecían fragmentos cerámicos atribuibles al Neolítico. De este modo, la cavidad quedó durante muchos años como lugar de excursión y de exploraciones subterráneas dirigidas por grupos de espeleología. Por desgracia, los buscadores clandestinos y otras visitas incontroladas contribuyeron tanto al deterioro de la cavidad como al expolio sistemático de su riqueza arqueológica.