Los castigos y sentencias para los que confesaban o eran declarados culpables se pronunciaban al mismo tiempo en una ceremonia pública al final de todo el proceso. Era el sermo generalis o auto de fe. Los castigos podían consistir en una peregrinación, un suplicio público, una multa o cargar con una cruz. Las dos lengüetas de tela roja cosidas en el exterior de la ropa señalaban a los que habían hecho falsas acusaciones. En los casos más graves las penas eran la confiscación de propiedades o el encarcelamiento. La pena más severa que los inquisidores podían imponer era la de prisión perpetua. De esta forma la entrega por los inquisidores de un reo a las autoridades civiles, equivalía a solicitar la ejecución de esa persona.