En 1864, cuando el éxito parecía seguro, una tragedia enlutó a la familia Nóbel. La imprudencia de algunos obreros, que trabajaban en la fábrica recién terminada, provocó una tremenda explosión que hizo saltar todas las instalaciones y causó la muerte de cinco trabajadores y de Emilio Nóbel, el hermano menor de Alfredo. Fue una dura prueba para el joven sabio. Solo, privado de su querido compañero, sin apoyo y sin recursos, tuvo que alquilar una vieja embarcación en la que instaló su laboratorio.