Hacia el miércoles por la noche, el fuego había sido controlado, debido en gran parte a la intervención personal del rey, que organizó a los bomberos para derribar edificios, a fin de circunscribir los destrozos del incendio. Pero Londres continuó ardiendo y humeando lentamente en las semanas que siguieron. Seis meses después, aún había sótanos en los que el fuego continuaba vivo. El disparate del panadero Farynor produjo algún beneficio: los vergonzosos barrios bajos del centro de Londres quedaron limpios en una semana; el fuego purificó los últimos vestigios del gran desastre londinense anterior, la Gran Plaga de 1665, que había producido 100.000 víctimas.