Escribió acerca del incendio: «Me levanté, me puse la bata y fui a la ventana. Pensé que el incendio debía ser muy lejos, detrás de Mark Lane, y entonces me fui otra vez a dormir». Pepys fue quien llevó a la corte, y por lo tanto al rey, las noticias del incendio, cuando fue a su despacho en Whitehall, poco antes de mediodía. Hasta entonces, nadie se había molestado en informar al rey. Después de todo, era domingo. Sin embargo, pronto tuvo que desecharse la idea de que el fuego podía ser apagado pronto. El domingo por la tarde las llamas llegaban al río Támesis, y una serie de depósitos llenos de madera, aceite, coñac y carbón, estallaron como bombas, uno tras otro. Un viento seco y cortante soplaba de continuo desde el este, de manera que, si bien llegaba a cierta distancia de la casa de Pepys, el incendio se extendía hacia el oeste de manera incontrolable.