Pero también en esta época comenzó la disolución del inmenso Imperio. La smización del Khan y de la dinastía Yuan por él fundada hizo que otros miembros de la familia se rebelaran contra su autoridad. Su nieto Kaidu fundó un kanato independiente en Asia central, que sólo fue sometido por Timur (1295-1307), sucesor de Kubiai, que no pudo impedir sin embargo la pérdida de control sobre los khanatos o khanatos occidentales. La misma dinastía Yuan fue derrocada en China por los Ming (1368) y sus descendientes se retiraron de nuevo a Mongolia.