A pesar del éxito de los turcos selyuqis al retomar el control de Palestina, las continuas guerras con los cruzados mermaron sus fuerzas. Estaba también la amenaza de las actividades de los Asesinos, secta herética del Islam. Por otro lado, el Islam entró en un periodo de introspección interna debido a la popularidad del misticismo Sufi. En ese estado de agotamiento y debilidad, sucumbieron al repentino ataque de los Mongoles. Bagdad cayó presa de los invasores en el año 1258 y el imperio selyuqi tocó a su fin.