Vuelve a su tierra natal cuando tiene 28 años, en 1.501. Es un joven culto y maduro. Su cabeza debía ser un hervidero de ideas. Le ofrecen el puesto de canónigo en la catedral Frombork (Frauemburg). Deja la canonjía en manos de un interino y se marcha a estudiar medicina en Padova (Venecia). Como vemos es un estudiante polifacético, que, además, no ha dejado de observar los planetas durante todos estos viajes, que son su gran pasión: la Astronomía.