En 1809 se convirtió en director del Nuevo Observatorio Königsberg de Prusia y profesor de astronomía. Previamente había recibido el doctorado en astronomía de la universidad de Göttingen por recomendación de Gauss. Mientras el observatorio de Königsberg terminaba su construcción, él continuó su trabajo y le fue otorgado el premio Lalande del instituto de Francia por sus investigaciones sobre refracción. Bessel emprendió el trabajo de determinar la posición y el movimiento de más de 50. 000 estrellas, lo cual lo llevó a la determinación del paralaje de la estrella 61 Cygni, el primero de la historia, y calculó su distancia en 10, 3 años-luz.