En sus últimos días Napoleón le impuso la Cruz de la Legión de Honor en 1806. A su vez, un Messier anciano destruyó mucha de su reputación científica dedicando el gran cometa de 1769 a Napoleón, quien había nacido ese año. En 1815, sufrió un infarto cerebral. Después de una larga convalecencia, murió el 12 de abril de 1817, en París. Ha sido honrado póstumamente por la comunidad astronómica al colocar su nombre en un cráter de la luna.