A continuación, trató de consolidar el dominio español sobre el territorio colindante, a la vez que se dirigió hacia la actual Colombia, penetrando en el valle del río Cauca en busca del mítico El Dorado y fundando varios núcleos como Ampudia, Santiago de Cali, Neiva, Popayán y Guayaquil (1536-1537). Cruzó el valle del río Magdalena en 1539, junto a Gonzalo Jiménez de Quesada y el alemán Nicolás Federmann, atravesando las alturas centrales colombianas y entrando en Bogotá.