En 1525 de regreso a América, fundó la ciudad de Santa Marta (actual capital del departamento colombiano de Magdalena) entre el cabo de la Vela y el río Magdalena, una de las primeras ciudades continentales de América que aún existe. Juan Villafuerte, su propio lugarteniente, dirigió una conspiración contra Bastidas que casi le cuesta la vida. Herido en el atentado, intentó volver a La Española. El 28 de julio de 1527, al anclar en Santiago de Cuba, falleció. Sus restos reposaron en Santo Domingo hasta que a mediados del siglo XX fueron trasladados a Santa Marta por petición del gobierno local y reposan actualmente en la catedral de la ciudad.