En esa última acción militar, que a veces se conoce como Guerra del Mixtón, Alvarado fue arrollado por el caballo de un compañero inexperto que huía del contraataque de los indios chichimecas, que estaban parapetados en el Cerro del Mixtón (gato) y eran comandados por Francisco Tenamaxtle, un caxcán que se había levantado en armas. Sucedió en Nochistlán, en el sur de lo que hoy es el estado de Zacatecas.[3]
Tras unos días de agonía, murió el 4 de julio de 1541. Su cuerpo fue enterrado primero en la iglesia de Tripetio (Michoacán), y trasladado cuarenta años después por su hija, Leonor Alvarado Xicotencatl, a Santiago de Guatemala (hoy Antigua Guatemala), junto al de su mujer Doña Beatriz de la Cueva –llamada la sinventura, no sin motivo: enviudó menos de un año después de suceder a su hermana como mujer de Alvarado, y luego sobrevivió a su marido sólo otro año–; la última morada de Alvarado está en una cripta de la catedral de la Antigua Guatemala.[4
Tras unos días de agonía, murió el 4 de julio de 1541. Su cuerpo fue enterrado primero en la iglesia de Tripetio (Michoacán), y trasladado cuarenta años después por su hija, Leonor Alvarado Xicotencatl, a Santiago de Guatemala (hoy Antigua Guatemala), junto al de su mujer Doña Beatriz de la Cueva –llamada la sinventura, no sin motivo: enviudó menos de un año después de suceder a su hermana como mujer de Alvarado, y luego sobrevivió a su marido sólo otro año–; la última morada de Alvarado está en una cripta de la catedral de la Antigua Guatemala.[4