Tras la toma de Tenochtitlan en 1521, Cortés lo comisionó para otras expediciones más al sur, lo que le permitió pasar a la historia también como conquistador de Guatemala y El Salvador junto a su hermano Gonzalo de Alvarado y, aunque siguiendo a Cortés, también concluyó la conquista en Honduras.
En 1524 fundó Santiago de los Caballeros, luego llamada Ciudad Vieja, en Guatemala.
En 1524 fundó Santiago de los Caballeros, luego llamada Ciudad Vieja, en Guatemala.